Նուկլեոտիդները չպետք է շփոթել նուկլեոզիդների հետ: Վերջինս վերաբերում է նուկլեոտիդի այն հատվածին, որը կազմավորվել է միայն պենտոզով (շաքար) և ազոտային հիմքով:
ԴՆԹ-ն բաղկացած է չորս տեսակի ազոտական հիմքերից `ադենին (A), ցիտոզին (C), գուանին (G) և թիմին (T):
Ազոտի հիմքերը դասակարգվում են երկու կատեգորիաների ՝ պուրիններ և պիրիմիդիններ: Առաջին խումբը բաղկացած է հինգ ատոմներից բաղկացած օղակից, որը կցված է մեկ այլ վեցից բաղկացած օղակի վրա, մինչդեռ պիրիմիդինները կազմված են մեկ օղակից:
Նշված հիմքերից ադենինը և գուանինը ստացվում են պուրիններից: Ի տարբերություն դրան, թիմինը, ցիտոզինը և ուրացիլը (առկա են ՌՆԹ մոլեկուլում) պատկանում են պիրիմիդինների խմբին:
Կառուցվածքը

ԴՆԹ-ի մոլեկուլը կազմված է նուկլեոտիդների երկու շղթայից: Այս «շղթան» հայտնի է որպես ԴՆԹ շղթա:
Երկու թելերը կապված են ջրածնային կապերով `փոխլրացնող հիմքերի միջև: Ազոտի հիմքերը կովալենտորեն կապված են շաքարերի և ֆոսֆատների ողնաշարի հետ:
Յուրաքանչյուր շղթայի վրա տեղակայված յուրաքանչյուր նուկլեոտիդ կարող է զուգակցվել մեկ այլ թելքի վրա գտնվող մեկ այլ հատուկ նուկլեոտիդի հետ ՝ կազմելով հայտնի կրկնակի պարույր: Արդյունավետ կառուցվածք ձեւավորելու համար A- ն միշտ զուգորդվում է T- ով `երկու ջրածնային կապի միջոցով, իսկ G- ն` C- ով `երեք կամուրջով:
Չարգաֆի օրենքը
Եթե ուսումնասիրենք ԴՆԹ-ում ազոտական հիմքերի համամասնությունները, կպարզենք, որ A- ի քանակը նույնական է T- ի քանակին և նույնը G- ի և C- ի հետ: Այս օրինաչափությունը հայտնի է որպես Chargaff- ի օրենք:
Այս զուգավորումն էներգետիկորեն բարենպաստ է, քանի որ այն թույլ է տալիս պահպանել նմանատիպ լայնություն կառուցվածքում ՝ պահպանելով շաքար-ֆոսֆատի ողնաշարի մոլեկուլի երկայնքով նման հեռավորություն: Նկատենք, որ մատանու հիմքը զուգորդվում է մատանի մեկի հետ:
Կրկնակի խխունջի մոդել
Առաջարկվում է, որ կրկնակի պարույրը բաղկացած է մեկ շրջադարձից 10.4 նուկլեոտիդից, որոնք բաժանված են կենտրոնից կենտրոն 3.4 նանոմետր հեռավորությամբ: Պտտման գործընթացը առաջացնում է կառուցվածքում փորվածքների ձևավորում ՝ կարողանալով դիտել ավելի մեծ և փոքր ակոս:
Ակոսները ծագում են այն պատճառով, որ հիմքային զույգերի գլիկոզիդային կապերը միմյանց հակառակ չեն ՝ կապված դրանց տրամագծի հետ: Պիրիմիդին O-2 և պուրին N-3 հայտնաբերվում են աննշան ակոսում, մինչդեռ հիմնական ակոսը գտնվում է հակառակ շրջանում:
Եթե մենք օգտագործում ենք սանդուղքի անալոգիա, աստիճանները բաղկացած են միմյանց փոխլրացնող բազային զույգերից, մինչ կմախքը համապատասխանում է երկու բռնող ռելսերին:
ԴՆԹ-ի մոլեկուլի ծայրերը նույնը չեն, այդ իսկ պատճառով մենք խոսում ենք «բևեռականության» մասին: Դրա ծայրերից մեկը ՝ 3 ‘-ը, պարունակում է -OH խումբ, մինչդեռ 5’ վերջում կա անվճար ֆոսֆատային խումբ:
Երկու թելերը տեղակայված են հակ զուգահեռ եղանակով, ինչը նշանակում է, որ դրանք գտնվում են հակառակ ուղղությամբ `իրենց բևեռականության մասով, հետևյալով.

Բացի այդ, թելերից մեկի հաջորդականությունը պետք է լրացնի իր զուգընկերոջը, եթե դա դիրք է, որտեղ կա A, հակ զուգահեռ շարքում պետք է լինի T: